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La deforestación causada por los cultivadores de coca fue menos severa durante los años setenta y ochenta en Colombia que en Perú o Bolivia. Pero esta situación cambió durante los años noventa cuando los narcotraficantes comenzaron a utilizar más el territorio colombiano para sus cultivos ilícitos. En Colombia el cultivo de coca aumentó en 27.000 hectáreas, o sea, el 175%, entre 1985 y 1989. Esta tendencia se disparó posteriormente durante gran parte de los años noventa, especialmente en los departamentos de Putumayo y Caquetá, y en los llanos orientales de Colombia. Según el Informe sobre la Estrategia Internacional de Control de Narcóticos de 2001, el área total utilizada en Colombia para cultivar coca se cuadruplicó, de 38.000 hectáreas en 1992 a 136.000 en el año 2000. En respuesta, el Gobierno de Colombia lanzó a finales del año 2000 una gran campaña de fumigación en el departamento de Caquetá y el suroeste de Putumayo, siendo este último el sitio con mayor densidad de cultivos de coca en el mundo y la mayor expansión del cultivo de coca en Colombia. Aunque el Gobierno colombiano llevaba un tiempo fumigando en otras partes del país, no había fumigado en Putumayo anteriormente. Desde finales de diciembre de 2000 hasta principios de febrero de 2001, cerca de 20.000 hectáreas de coca fueron erradicadas de manera efectiva por medio de la fumigación aérea en Caquetá y Putumayo.